Samtlige anlegg som inngår i Landsverneplanen har nasjonal verneverdi. Likevel har man valgt å dele bygninger og anlegg inn i to verneklasser, og dette har i hovedsak betydning for den fremtidige forvaltningen av disse kulturminnene.
Klasse 1 omfatter anlegg som er fredningsverdige. Dette innebærer at alle endringer og tiltak som går ut over vanlig vedlikehold skal godkjennes av RA. FBT vil her være saksforberedende instans. Når det gjelder militærhistoriske vurderinger vil dette skje i samarbeid med FMU.
Klasse 2 omfatter bygninger og anlegg som ikke vil bli fredet etter kulturminneloven. Alle endringer og tiltak skal godkjennes av FBT. Sakene skal kun oversendes RA dersom bygningene og anleggene inngår i makeskifter, de ønskes revet eller solgt eller tatt ut av landsverneplanen.
Det er utarbeidet en samarbeidsavtale mellom RA og FBT om fordeling av oppgaver og ansvar. Den forutsetter at FBT opprettholder sin kulturminnefaglige kompetanse på et forsvarlig nivå.