Verneplanen opererer med vern av områder og med vern av inventarer innenfor disse områdene på Karljohansvern.
Verneområdet
Verneområdet omfatter hele Forsvarets eiendom. I verneplanen defineres en rekke enkeltelementer innenfor verneområdet, herunder bygninger, kaianlegg, murer, voller og batterier. For disse gjelder ulike grader av vern, tilpasset inventarenes antikvariske verdi. Det innebærer at inventarene skal behandles i henhold til vernebestemmelsene som er angitt for de aktuelle vernekategorier nedenfor. Verneplanen omfatter likeledes alle spor av militær virksomhet innen verneområdet, Veier, plasser og grøntanlegg inngår i de enkelte delområdene (se Kulturmiljøet), men er ikke gitt særskilte oppslag i verneplanen. Slike elementer inngår generelt som en del av det helhetlige, kulturhistoriske miljøet ved etablissementet.
Innenfor vollen: Den lave Vollporten (0955) nord for Kanalen danner inngangsporten inn til Karlohansvern. På innsiden er området åpent bort til overlegeboligen (0036) og tomten der militærsykehuset lå. Epidemisykestuen (0034) som ligger her fortsatt, ble oppført på utsiden av vollen etter gammel tradisjon.
Automatisk fredede kulturminner
Grunn, bygninger og anlegg fra før 1537 samt erklært stående byggverk fra perioden 1537–1649 er automatisk fredet i henhold til Kulturminnelovens § 4. Det er hittil ikke registrert spor etter middelalder eller andre arkeologiske rester inne på Forsvarets eiendom på Karljohansvern. Dersom man finner slike kulturminner, vil bestemmelsen i Kulturminneloven gjelde.
Det tidligere ferge- og gjestgiverstedet har sikre opptegnelser tilbake til begynnelsen av 1500-tallet og spor etter dette og andre typer eldre strukturer kan ikke utlukkes. Øvrige deler av ytre Vestfold er rikt på arkeologiske funn. I nærheten av Hortenstangen finnes det bl.a. store gravhauger samt middelalderkirker som Borre kirke og Løvøya kapell. Marinestasjonen har i tillegg en sentral, strategisk beliggenhet. Ifølge muntlige, lokalhistoriske opplysninger har det vært eldre skanser på øyene på utsiden av Indre Havn. Dette er ikke undersøkt.
Fredede bygninger
En gruppe bygninger ble 18.10.2000 fredet ved forskrift ihht. Kulturminneloven §22a jfr §15 i forbindelse med planer om salg. Dette gjelder inventar nr. 0036, 0040, 0041, 0047, 0048, 0111, 0132 og 0133. Av disse er 0036-0048 solgt, mens 0111, 0132 og 0133 fortsatt er i Forsvarets eie.
Verneklasse 1: Fredningsverdige inventarer
Katergorien omfattet bygninger og anlegg (inventarer) av meget høy verneverdi. Disse vil bli foreslått fredet etter kulturminneloven.
For bygninger vil vernet normalt omfatte både eksteriør og interiør. For å minimalisere risikoen for utilsiktede endringer, vil vernet også omfatte deler av inventarer som i seg selv ikke er fredningsverdige. Omfanget av vernet for hvert inventar er nærmere spesifisert i katalogen der en del av de verneverdige elementer også er fremhevet.
For bygninger av høy antikvarisk verdi hvor det i dag er kun eksteriøret som er av antikvarisk interesse, gjelder for utvendige flater og detaljer.
For anlegg uten tradisjonell bygningsstruktur, for eksempel bryggeanlegg, gjelder vernet anlegget som helhet med eventuelt tilhørende teknisk utstyr og detaljer.
Inventarer i denne kategorien vil være markert med tallet 1 i rubrikken verneklasse i katalogen.
Eldre skytestilling: Skytestillingen som er satt opp ved innløpet av Kanalen mot Indre Havn er en del av det militærhistoriske landskapet.
Verneklasse 2: Verneverdig inventarer
Verneverdig inventarer Inventarer i denne klassen vil ikke bli foreslått fredet etter Kulturminneloven, men regulering til «Spesialområde med formål bevaring» etter Plan og bygningslovens § 25.6 kan være aktuelt for å sikre verneinteressene. Som regel omfattes inventarer i denne klassen kun av eksteriørvern, men unntaksvis vil også interiører være omfattet. Interiørvern vil p.t. ikke kunne forankres i Plan- og bygningsloven som kun hjemler eksteriørbevaring. I slike tilfeller vil vernet være et internt redskap til å ivareta interiører som har vernekvaliteter uten å være i fredningsklasse. Noen av bygningene har fått lavere verneverdi på grunn av endringer. For disse kan det være ønskelig med en tilbakeføring i forbindelse med utbedring og rehabilitering.
Inventarer i denne kategorien vil være markert med tallet 2 i rubrikken verneklasse i katalogen.
Inventarer med liten verneverdi (verneklasse 0)
Kategorien omfatter stående bygninger med liten verneverdi. Disse vil kunne påregnes endret eller revet etter forutgående søknad til Faggruppe kulturminnevern i Forsvarsbygg og teknisk etat i kommunen. Ved rivning av bygninger skal imidlertid fundamentene stå tilbake, med mindre annet bestemmes særskilt.
Inventarer i denne kategorien vil være markert med 0 – liten verneverdi i rubrikken verneklasse i katalogen.
Militærhistorisk landskap
En vesentlig del av etablissementenes verneverdi ligger i den totale opplevelsen av ulike typer bunkere, kommandoplasser, observasjonsposter, stillinger, sperringer, trapper, tufter og veinett samt et rikt biologisk mangfold innenfor et avgrenset område. Egenverdien til det enkelte element kan være begrenset, men samlet utgjør de en kilde til kunnskap om og opplevelse av det historiske anlegget. Disse bygnings- og anleggsrestene skal derfor ligget tilbake som spor i det vi har valgt å kalle det militærhistoriske landskapet.
Katalogen identifiserer ikke alle spor etter militær virksomhet. Elementer som ikke er ikke er gitt egne oppslag i katalogen slik som enkelte rester etter nyere fortifikasjoner, tufter etter allerede revne bygninger samt enkelte stående bygninger på Mellomøya og Østøya, inngår like fullt i dette landskapet og er underlagt de bestemmelser som gjelder (jfr Vernebestemmelser).
Når bygninger med liten verneverdi rives, skal fundamentene som hovedregel stå tilbake som en del av det militærhistoriske landskapet dersom ikke annet er bestemt.
