Konstruksjoner
En vesentlig del av Karljohansverns bygningsmasse utgjøres av trebygninger. Noen få er laftebygninger med utvendig panel slik som 0047 Sjefsboligen (solgt) og 0054 Solbakken, begge opprinnelige sivile bolighus. De øvrige er stender- eller bindingsverkskonstruksjoner, de fleste panelte både utvendig og innvendig med unntak av enklere uthus og skur. Eldre bindingsverkshus som var bygd til bolig- eller kaserneformål er oppført i utmurt bindingsverk som har blitt panelt utenpå (se over). Noen av de eldre ammunisjonsmagasinene i tre på Østøya og Mellomøya er panelt både utvendig og innvendig i tillegg til at de i helhet er kledt med bølgeblikk på utsiden. I tillegg inngår tre som materiale også i de fleste murbygninger, ikke minst i utvendige detaljer som vinduer og dører.
Materialer og teknikker
På trebygningene på Karlhohansvern har det vært benyttet flere typer tradisjonelle overflatebehandlinger. Innendørs har limfarge blitt brukt både på mur og tre. Det er også anvendt linoljemaling som var mindre vedlikeholdsintensiv over tid. Gulv ble ofte innsatt med «kogende» linolje el. gulvolje, når de da ikke ble malt eller etter hvert belagt med linoleum. På festningene kan enklere uthus, materiallagre og skur ha blitt strøket med enklere uthusfarge slik som sildelakemaling, komposisjonsmaling, rå tjære iblandet litt linolje eller linoljemaling med rimelige jordpigmenter, f.eks. Terra di Sienna. På Karljohansvern er omfanget av dette ukjent. Viktige og mer representative bygninger ble bemalt med linoljemaling utvendig der prisen på pigmentene var mer underordnet. Fasadelementer i tre på murbygninger ble også malt opp.
Trematerialer til konstruksjoner og til bedre utvendig panel skulle før være skåret av godt materiale, gjerne vinterhugget furu eller gran som hadde tørket i minst et år. Videre har det vært selvsagt at man sorterte ut virket etter hvor det skulle brukes, slik at det beste virket ble brukt på de mest utsatte detaljer, f.eks. bunnkarm og nedre ramme på vinduer. Her brukte man gjerne malment, speilskåret virke, som helst lå på lager i en del år for at malmen skulle herde. I den andre enden av skalaen ble det dårligste virket nyttet til innvendig rupanel som likevel skulle tapetseres, som stubbeloftsgulv mot kjeller, mindre værutsattevegger på uthus, m.v.
Skader, vedlikehold
De fleste trebygninger på Karlhohansvern er godt vedlikeholdt og har pr. idag beskjedne, synlige skader i det ytre treverket. Bare noen få er i akutt behov av vedlikehold, slik som 0134 halvtaksskurene nord for Verftsporten. Noen av de panelte bygningene har imidlertid blitt behandlet med nyere typer maling som har forårsaket problemer i forhold til underliggende, pustende maling, for eksempel basert på linolje. Det er viktig å være oppmerksom på slike forhold selv om bygningene ser godt ut i dag.
Ved rehabiliteringer har nyere materialer og teknikker generelt hatt en utstrakt anvendelse. Eksempler på det er nye typer panel og tekkematerialer som virker fremmede eller gir et feil inntrykk på eldre hus. Nyere malinger har andre aldringsegenskaper enn tradisjonell linolje- og uthusmaling, men dette fremkommer først etter etter noen år.
Mange vinduer er også skiftet ut slik som på Brakkestokkene og fortet Norske Løve. For å opprettholde de resterende, tradisjonsrike kvalitetene ved trebebyggelsen er det svært viktig at det som er tilbake av opprinnelige eller eldre detaljer blir beholdt. Det samme gjelder opprinnelige tredetaljer i murbebyggelsen. Et uomgjengelig prinsipp her er reparasjon fremfor utskiftning. Det vises forøvrig til Håndbok i kulturminneforvaltning når det gjelder praktiske anvisninger.
Ammunisjonsmagasiner: Ammunisjonsmagasinene på Mellomøya fra tiden rundt 1. verdenskrig er oppført i bindingsverk og panelt både innvendig og utvendig. En indre stolperekke bærer hyllene der ammunisjonen ble lagret. I tillegg er de kledt med bølgeblikk ytterst på grunn av brannfaren. (0393)
Jernstenderverk på pillarer: Torpedobåtskuret, oppført 1899, representerer en epokegjørende byggemåte som fikk sitt gjennombrudd med byggingen av Eiffeltårnet (0151).
Smidd jernbånd med strammekiler: Bildet viser jernforsterkninger rundt en av kalkovnene på Møringa (01889).
Bølgeblikk og jernsprosser: Ytre kledning av bølgeblikk og vinduer med jernsprosser skulle forhindre brann. Minemagasin II, Mellomøya, oppført 1920 (0294).