Hovedprinsippet for vern er at områdets karakter og historiske verdi skal bevares. Det betyr at verdifulle elementer primært skal vedlikeholdes og om nødvendig repareres, ikke endres. Deler av området og elementer innen området, kan imidlertid inneha kulturhistorisk verdi, men er blitt endret slik at disse verdiene er blitt forringet eller utydeliggjort. Her kan det være ønskelig å heve kvaliteten ved kulturmiljøet som helhet ved å foreta en tilbakeføring eller forsterking av kulturhistoriske kvaliteter. Likeledes kan visse deler av kulturmiljøet tåle endringer i form av riving eller nybygg, uten at kulturhistoriske verdier nødvendigvis går tapt. Ved tilbakeføring eller forsterkning av kulturhistoriske verdier skal dette gjøres på en slik måte at det ikke reduserer områdets viktighet for biologisk mangfold.
Hensikten med verneplanen er derfor ikke å hindre all forandring ved å legge «lokk» på den videre utviklingen av etablissementet. Det aksepteres at Karljohansvern ved siden av å være et nasjonalt kulturminne av høy rang, også er en arena for militær aktivitet, næringsvirksomhet, museer og kulturelle aktiviteter samt et bolig- og rekreasjonsområde. Det er ønskelig at ulike typer sambruk skal fortsette også i fremtiden. Innenfor deler av området vil Forsvarets operative behov bli tillagt avgjørende vekt.
Karljohansverns antikvariske verdier samt områdets særlige viktighet for biologisk mangfold i Oslofjordregionen må hele tiden være utgangspunktet for beslutninger vedrørende skjøtsel. Selv små inngrep i form av beplantning, belegg, støttemurer o.a. vil over tid kunne endre områdets preg betydelig. Det vil også være en fare for at kulturhistoriske spor går tapt; spor som kan være vanskelig å skille fra mindre vesentlige elementer.
Skjøtsel og vedlikehold bør skje etter en plan, slik at tilfeldigheter og uheldige løsninger unngås. Verneplanen er premissgiveren for mer detaljerte planer. Det understrekes at planer ikke er et mål i seg selv, men et hjelpemiddel for å sikre en god forvaltning. Planer kan derfor være avgrenset tematisk, f.eks. mht. biologisk mangfold, eller ta for seg et delområde hvor tiltak eller særlige hensyn er påkrevet. Et tilstrekkelig plan- og prosjekteringsarbeid vil gjøre forvaltende og antikvariske myndigheter i stand til å treffe korrekte beslutninger. Ved endringsprosesser er det spesielt viktig med dokumentasjon, for å sikre at ikke kunnskapen om tidligere tilstand går tapt.