Originale vinduer og dører er stilmessig knyttet til husets byggeperiode og er derfor en vesentlig del av husets arkitektoniske utforming og kvalitet. Samtidig er særlig eldre vinduer en «truet» bygningsdel. Av hensyn til energisparing og lydisolering er gamle originale vinduer blitt skiftet ut i stort monn med moderne vinduer med isolerglass, ofte med kraftigere sprossedimensjoner og industrielt tilvirket floatglass. Dermed mister bygningene mye av sin kvalitet, både når det gjelder estetikk og opprinnelighet. Originale vinduer og dører skal derfor bevares som er viktige deler av kulturarven. Dette er både teknisk, estetisk og økonomisk begrunnet. Gamle vinduer laget av utsortert førsteklasses virke er av svært god kvalitet. Glasset var håndblåst. Detaljer som profiler, sprossedimensjoner, beslag, hengsler og «spillet» i det gamle glasset er detaljer som til sammen gir bygningen karakter. Nye tekniske undersøkelser foretatt av Sintef har også vist at gamle vinduer kan oppgraderes til å bli like gode som nye, når det gjelder isolasjon både mot lyd og kulde. Å lage eksakte kopier av gamle vinduer med lik materialkvalitet, utforming og detasjering er kostbart. Det er derfor både økonomiske, tekniske og estetiske grunner til å bevare bygningenes originale vinduer.
Situasjonen i Bergen når det gjelder originalt vindusglass, er noe spesiell. Trykkbølgen fra eksplosjonen i 1944 blåse ut glassrutene i store deler av byen, festningen inkludert. I tillegg ble mye av treverket ødelagt av brann. De fleste vinduene på Bergenhus er derfor fra perioden etter 1944. Det samme er nok tilfelle når det gjelder dører. På bilder fra 1944 kan man se at et portblad i Stallbygningen er bevart, mens de øvrige er borte. Dagens dører og vinduer er likevel omfattet av fredningen og kan ikke skiftes ut uten godkjenning fra Riksantikvaren.