Vardøhus eies av Staten ved Forsvarsdepartementet. Departementet har dermed det overordnede forvaltningsansvaret. Forsvarsbygg nasjonale festningsverk (NFV) er departementets utførende forvaltningsorgan og har ansvaret for forvaltning, drift og vedlikehold av alle bygninger og anlegg på festningen.
Forsvarsbygg er tillagt ansvar for forvaltning, drift og vedlikehold av alle bygninger og anlegg som er i militær bruk innenfor etablissementet Vardø. Unntak gjelder bare for inv.nr. 0020 Kystvernbrakka, hvor Vardø kommune og Vardøhus festnings venner har ansvar for vedlikehold og drift.
Spørsmål om endringer utover vanlig vedlikehold for inventarer i verneklasse 1 skal forelegges Riksantikvaren. I praksis har Finnmark fylkeskommunes kulturvernavdeling i forståelse med RA de senere år behandlet en rekke saker vedrørende Vardøhus festning. Fylkeskommunen har også påtatt seg ansvar/oppdrag med oppfølging av istandsettelsesarbeider. Nasjonale Festningsverk er her saksforberedende instans med Forsvarsmuseet som militærhistorisk rådgiver.
For bygninger og anlegg i verneklasse 2 skal søknad om endringer forelegges NFV.
Se forøvrig Saksbehandlingsregler for mer utfyllende informasjon.
Inv.nr.0010 Brønnhuset til venstre, 0008 Magasinet i midten og 0007 Ladetøyhuset til høyre. Foto: Kjetil Rolseth.