I forbindelse med oppfølgingen av Forsvarets sektorhandlingsplan for biologisk mangfold, kapittel 5 i St.meld 42 (2000–2001) Biologisk mangfold – Sektoransvar og samordning, er det gjennomført to ulike kartlegginger av biologisk mangfold på Oscarsborg befestninger. Den første kartleggingen omfatter nordre og søndre Kaholmen og Seiersten skanse i Frogn kommune, Akershus. Basert på feltarbeid og gjennomgang av eksisterende dokumentasjon er det i disse områdene identifisert og beskrevet ni viktige naturtypelokaliteter, sju viktig viltområder, et marint område, 15 rødlistede arter, 1 fredet art og en art som er stedegen for Norge. Ved sammenstiling av denne informasjonen er fire områder vurdert som viktig for biologisk mangfold, og fem områder som svært viktige områder for biologisk mangfold. Den andre kartleggingen omfatter Heer skanse og Heer kringsrud mitraljøsestilling, Husvik og sørøstre Håøya i Frogn kommune, Akershus, samt Kinertangen, Elton og Leina i Hurum kommune, Buskerud. I denne kartleggingen ble det identifisert og beskrevet 19 naturtypelokaliteter og 2 prioriterte viltområder. Ved sammenveiingen er 2 områder vurdert som svært viktige, 7 som viktig og 6 som lokalt viktige for biologisk mangfold.
Søndre Kaholmen er i stor grad kulturpåvirket, og mye av dagens naturverdier er knyttet til innførte arter som er kommet med ballast. Nordre Kaholmen er mindre kulturpåvirket med en del furu og løvskog. I tillegg utgjør hagen rundt den gamle kommandantboligen og de åpne skrote-plassene viktige elementer for biologisk mangfold. Foruten skogområdene i Seierstenmarka, er parklandskap og slåtteeng rundt Seiersten skanse svært viktig for biologisk mangfold som følge av at dette er gammelt kulturlandskap. Naturverdiene i områdene Heer skanse og Heer kringsrud mitraljøsestilling, Husvik, og sørøstre Håøya i Frogn kommune, samt Kinertangen, Elton og Leina i Hurum kommune er stort sett betinget av ulike skogtyper. Det er registrert flere rødlistede plante og dyrearter knyttet til disse skogene.
Håøya, er tatt inn i Direktoratet for naturforvaltnings rapport 1999-4: Barskog i Øst-Norge – utkast til verneplan, og utgjør ifølge rapporten «et svært verdifullt område med stor diversitet og store kontraster i vegetasjonsutforming hvor både barskog og edellauvskog inngår.» Øya har blant annet en rik flora med mer enn 550 registrerte arter av karplanter. Formelt vern som naturreservat ble fastsatt ved kgl.res. 13. desember 2002.
I forbindelse med kartleggingene gis det i BM-rapport nr. 12-2002 Biologisk mangfold på Oscarsborg befestninger: Oscarsborg festning (nordre og søndre Kaholmen) og Seiersten skanse i Frogn kommune, Akershus, samt BM-rapport nr 34-2003 Biologisk mangfold på Oscarsborg befestninger, Frogn og Hurum kommuner, Akershus og Buskerud (ferdigstilles våren 2004) forvaltningsråd som må etterleves for å ivareta biologisk mangfold innenfor festningsverket. Rapportene tilgjengeliggjøres på nettstedet www.forsvarsbygg.no/publikasjoner.
Oscarsborgs øyne. En av Oscarsborgs søndre utposter er den gamle orografstasjonen på Elton (062802 1001), som ligger høyt oppe på en kolle over gården Elton i Hurum. Herfra, og fra pendanten Stjernås på den andre siden av fjorden, kunne man observere og posisjonsbestemme fiendtlige skip på et ganske tidlig tidspunkt. Foto: Forsvarsbygg.