1644–45: Under den såkalte Hannibalsfeiden mellom Norge og Sverige brukte Hannibal Sehested Halden som base for operasjonene i Båhuslen og Dalsland. Det ble derfor etablert en fast militær styrke på stedet og bygget noen skanser. Disse første provisoriske forskansningene ble kalt Creetzensteen.
1658: Etter at Norge mistet Båhuslen ved freden i Roskilde ble Halden grenseby, noe som og krevde kraftigere befestninger mot øst enn de som allerede var etablert.
1661–1701: Festningen reist i denne perioden. Kommander- ende general von Ahlefeldt og ingeniøroffiser Coucheron ledet planleggingsarbeidet. Coucheron ledet også mye av byggearbeidene. I tillegg til selve festningen ble de tre detasjerte fortene Gyldenløve, Overberget og Stortårnet oppført i denne perioden. De aller fleste av bygningene på festningen, slik som brakker, kommandantbolig, offiserskvarter og magasiner, ble bygget i tre. Mens bygninger som Nedre og Øvre magasin samt Dronningens kruttårn ble reist i stein.
1701–1814: Kong Karl 12. angrep og beleiret festningen i 1716, men han måtte trekke seg tilbake bl. a. fordi borgerne i Halden tente på sin egen by. Karl 12. var overbevist om at han først måtte ta Fredriksten for å erobre Norge, og i 1718 angrep han igjen festningen. Karl 12. falt ved festningen den 11. desember (gammel tidsregning 30. nov. ) 1718. Etter Den store nordiske krigs slutt i 1720 ble det besluttet at man måtte utbedre og forsterke hovedfestningenes verker og bygninger, samt sette i stand de detasjerte fortene. Det ble også bevilget penger til å bygge de hvelvede rommene i Vestre kurtine (1734–38) og Østre kurtine (1738–44). I tidsrommet 1753–58 ble den gamle kommandantboligen revet og en ny bygget på den samme tomten. Under «Tyttebærkrigen» i 1788 ble festningen brukt som operasjonsbase.
1814–15: I juli 1814 ble festningen igjen beleiret av svenskene og som en følge av Mosse-konvensjonen overlatt til svenskene i august 1814. Svenskene hadde festningen til 1815 da nordmennene igjen overtok Fredriksten.
1826: Ved bybrannen i 1826 ble trehusbebyggelsen i Halden og på festningen lagt i aske. Gjenoppbygningen startet umid- dellbart, og det var major Balthazar Nicolai Garben som fikk ansvaret, både som ingeniør og arkitekt, for dette arbeidet.
1872: I og med at Norge nå var i union med Sverige mistet festningen mye av sin betydning og berettigelse, og den ble derfor besluttet nedlagt som festning ved kongelig resolusjon den 17. juni 1872.
1901–05: Festningen fikk en kortvarig renessanse i tidsrommet før unionsoppløsningen. Forsvarsminister oberst Stang fikk festningen delvis reetablert. Enveloppen I og II ble bygget som kanonstillinger, og festningen ble utstyrt med fire 12 cm tårnnkanoner. Karlstadforliket innebar at det skulle være en nøytral sone på hver side av grensen, og med dette mistet Fredriksten sin operative betydning for godt.
1940–45: Under annen verdenskrig ble festningen benyttet av den tyske okkupasjonsmakten. Tyskerne fullførte en kaserne påbegynt i 1939 etter tegninger av Arnstein Arneberg.
1945–1998: Siden 1945 har den militære aktiviteten på festningen hovedsakelig vært knyttet til skolevirksomhet. Hærens forvaltningskole har standkvarter her. I tillegg til dette har Fredriksten kommandantskap, Forsvarets distriktsmusikkkorps Østlandet, Halden HV-avsnitt og Halden HV-område standkvarter her. Den militære virksomheten på festningen er konsentrert. Dette har ført til at mange bygninger er frigitt til kulturelle formål slik som Halden historiske samlinger. Utover dette brukes festningen til en rekke forskjellige kulturarrangementer. I flere av bygningene er det lagt til rette for arrangementer av forskjellig slag som konserter, utstillinger og foredrag, mens andre lokaler er innredet som festsaler.
2005: Militær aktivitet avviklet. I dag brukes mange av bygningene til museale og andre kulturelle formål.