1567: Fredrikstad grunnlagt i kong Fredrik 2. s regjeringstid, etter at svenske tropper hadde brent Sarpsborg. Den nye byen ble etablert ved østre bredd, nærmere Glommas munning.
1643–1660: Omkring 1643–45 skal Fredrikstad ha vært forsynt med en provisorisk voll omkring byens landside. Fra 1658 fikk Fredrikstad økt strategisk interesse idet Norge mistet Bohuslän med Bohus festning. Fredrikstad måtte da sikres med et permanent forsvarsverk. I 1660 hadde byen ved Glomma også fått egen kommandant.
1663–1716: Befestningsplaner av ingeniøroffiseren Willem Coucheron ble approbert av kong Fredrik 3. i 1663. Fredrikstad festning ble snart ansett som et av Norges betydeligste forsvarsverker, med magasiner for den sønnenfjeldske del av hæren og flåten. I festningens viktigste periode hadde den 200 skyts og skulle disponere opp til 2000 soldater. I tilknytning til hovedfestningen ble det bygget flere utenverker: Akerøy fort ble anlagt mot sjøen i 1664, og i de nærmeste omgivelsene ble hovedfestningen forsterket med Isegran, Kongsten fort, Cicignon-batteriet og Huth fort. Isegran som ligger på en øy i Glomma tvers overfor byfestningen, ble gjenetablert som fort for å bestryke østre elveløp fra 1670-tallet. Øst for hovedfestningen ble Kongsten fort bygget ut, først provisorisk fra 1677, og fra 1680-årene med permanente anlegg etter general Cicignons planer. Cicignonbatteriet ble anlagt ved nordvestre elvebredd i 1704. Senere ble også Huth fort etablert med oppgave å forsvare vestre elveløp.
1716: Fredrikstad festning var Tordenskiolds base under operasjonene på Bohuslänkysten.
1737–47: I 1737 ble en betydelig utvidelse planlagt for Fredrikstad festning der Kongsten skulle utgjøre det nye anleggets kjerne. De store utbyggingsplanene ble imidlertid skrinlagt. Istedet ble Cicignonbatteriet utbedret i perioden 1741–1747.
1760-tallet: En stor bybrann rammet festningen i 1764. Kun et fåtall bygninger sto tilbake: Vaktstuene, kruttårnene og arsenalbygningene. Murtvangen ble opphevet i 1767 fordi byens befolkning valgte å bosette seg i forsteder utenfor byen.
1807–1872: I 1807 er ytterligere befestninger omtalt i forbindelse med Fredrikstad: Hestehagen ved Trosvikstanden, Vaterland og Werle-batteriet. I august 1814 rettet svenske tropper et angrep på en redusert Fredrikstad festning , som måtte overgis etter noen dagers kamp. Samme år begynte svenskene å forsterke og utbedre festningsverkene ved Fredrikstad. I mars 1815 rykket nordmennene inn igjen, med en bataljon av Nordenfjeldske Regiment. Fra 1861 ble garnisonen redusert. Fra 1869 ble det holdt rekruttskole i Fredrikstad. I 1872 ble det vedtatt at Kongsten og Huth skulle være uten beredskap, og at en del grunn og bygninger kunne selges.
1897–1910: I 1897 flyttet feltartillerikorpset til Christiania. Tilbake ved Fredrikstad festning var en offiser, en underoffiser, to overkonstabler og seks mann, men ingen vakt eller post. Forening til Fæstningsvoldenes Forskjønnelse ble dannet samme år. Fredrikstad og Fredrikshald minedetasjement opprettet i 1899 med Isegran som hovedbase for mineforsvaret av Svinesund og Glommamunningen. Posisjons- artilleriibataljonen fikk standkvarter ved Fredrikstad fra 1902. Sammen med Kongsten ble festningen lagt ned som aktivt militært anlegg fra 1903. I 1909 ble Cicignon fort overført til kommunen og ble et nytt boligområde. Den gamle forstaden med jernbanestasjon hadde vokst til et nytt bysentrum med 15. 500 mennesker i 1910. Festningsbyen hadde omlag 1500 beboere, noe som medvirket til bevaringen av Fredrikstad festning og Gamlebyen.
1930–1940: Fredrikstad festning med bebyggelse ble listeført som administrativt fredet. Kongsten fort ble åpnet for allmenheten i 1931. Frem til 1934 lå Fredrikstad mineforsvar ved Isegran fort.
1980-tallet: Brakkesletten mellom festningsbyen og Kongsten bygget ut, blant annet med en ny befalsforlegning i 1983 og befalsmesse i 1987–88. Restaureringsplan for festningsverkene ble lagt fram 1987.
1990-tallet: Regjeringen bevilget midler til en større restaurering av festningen. Dette omfattet oppstramming av festningsprofil, gjenskaping av vollgravsystem med ravelin og broer, fjerning av vegetasjon m. m. Arbeidene pågikk i perioden 1991–1994. Fredrikstad Museum bruker militære bygninger til utstillinger og lager.
2002: Fredrikstad kommandantskap nedlagt og Forsvarsbygg ved Nasjonale festningsverk står i dag for forvaltning, drift, vedlikehold og utvikling.