Tidligere Karljohansvern Orlogsstasjon er fortsatt inne i en omstillingsfase. I de senere år er det skjedd store forandringer inne på selve marinestasjonsområdet. Den militære virksomheten ble i 1998 konsentrert på Møringa og langs Stjertebukta i tillegg til på Vealøs, Mellomøya og Østøya. Lagervirksomhet og nytt hovedkontor til daværende lokal forvaltningsmyndighet (LFM), Østlandets Sjøforsvarsdistrikt (ØSD) ble innredet i en av de gamle monteringshallene for sjøfly på Møringa der Flyfabrikken tidligere var etablert. ØSD er senere nedlagt og i 2002 overtok Befalskolen for Sjøforsvaret (BSS) de samme lokalene til bruk for administrasjonen. Bakgrunnen for utvidelsen av skolevirksomheten var at Befalsskolen for Marinen (BSMA) som har hatt tilhold på Karljohansvern siden midten av 1800- tallet, ble slått sammen med Befalsskolen for kystartilleriet (BSKA) på Oscarsborg festning. Stortinget vedtok å legge ned enheten på Oscarsborg i 2001.
Markedsområdet (MO) og det underliggende Driftsområde Horten er nå samlokalisert i 0053 Brakken på Vollene der Vollmesterkontoret har holdt til tidligere. Den øvrige bygningsmassen på Marinesamfunnsområdet som fortsatt er i Forsvarets eie, er leid ut eller planlegges leid ut til sivile virksomheter med unntak av boligene. Forsvaret vil fortsatt ha behov for boligmasse i forbindelse med skolevirksomheten på Karljohansvern. En utredning om eventuelt videre salg av deler av boligmassen kan imidlertid påregnes.
Inne på Verftsområdet er et større sivilt næringsbygg oppført på vestsiden av Verftsporten. En stor del av bygningsmassen i den nordre delen av området er utleid til sivile virksomheter. En utredning om eventuelt salg av deler av bygningsmassen på denne delen av Verftsområdet kan påregnes. Området rundt Magasin A og B betraktes som museumsområde.
I noen av bygningene på østsiden av Magasin A er det fortsatt militær verksteds- og lagervirksomhet. Dersom denne driften opphører kan en videre utvikling av museumsvirksomheten i dette området påregnes.
Panserskip i dokk: Tørrdokken på Karljohansvern har vært i aktiv bruk siden 1861. Se Tema: Dokken.
Utleid: Bygningene i området vest for FFI på det gamle verftet er idag utleid til sivile brukere og kan bli solgt. Her 0151 Båthus.