Under selve verneplansarbeidet var Østlandets Sjøforsdistrikt (ØSD) lokal forvaltningsmyndighet (tidligere LFM) for etablissementet. Etter at ØSD ble nedlagt, innehadde Karjohansvern Orlogsstasjon (KOS) midlertidig ansvaret for forvaltning, drift og vedlikehold vedrørende alle bygninger og anlegg ved stasjonen fra 1.1. til 31.12.2001. Karljohansvern er nå nedlagt som orlogsstasjon og fra 1.1.2002 overtok Forsvarsbygg ansvaret for forvaltning, drift og vedlikehold (FDV).
Det eksisterer særskilte bestemmelser for vedlikehold av flere av eiendommene som fortsatt er i Forsvarets eie, men som leies ut til sivile leietakere. Særskilte bruksavtaler er inngått med kommunen for området rundt Horten Kirke samt for veier og områder som benyttes som friarealer.
En særskilt avtale har også vært gjeldende for Sjømilitære Samfunn (tidl. 0030). Bygningen har vært eid av en stiftelse med samme navn, mens tomten har vært eid av Forsvaret. Denne avtalen er under vurering av FD. Forsvarsbygg har ikke ansvar for fremtidig vedlikehold for denne bygningen. Eventuell tildeling vurderes direkte fra FD for kjøp av tjenester.
Befalskolen for Sjøforsvaret (BSS)
Befalskolen for Sjøforsvaret (BSS), tidligere Befalsskolen for Marinen (BSMA), utvidet i 2002 sin virksomhet etter sammenslåing med tildligere Befalsskolen for kystartilleriet/ Oscarsborg festning (BSKA). BSS har nå ansvaret for adgangskontroll på det inngjerdete militære området.
Administrasjonenflyttet i 2002 inn i bygning 0193 på Møringa, en tidligere monteringshall for sjøfly, ombygget til lager- og administrasjonsbygg for ØSD i 1998. Bygningen har verneklasse 2. BSS disponerer en rekke bygninger på Karljohansvern, deriblant 0088 Skolebygningen, eldste del oppført i 1862, verneklasse 1.
Regional støttefunksjon (RSF)
Regional støttefunksjon (RSF) for Karljohansvern og andre militære anlegg i området er nylig blitt opprettet. Enheten ble lagt til Rygge flystasjon og trådte i kraft fra august 2003. RSF vil ha ansvaret for transport, forpleining, lagerfunksjoner og annen militær logistikk innen regionen.
Forsvarsbygg
Forsvarsbygg er Forsvarsdepartementets (FD) kontrollorgan og tjenesteleverandør innen eiendom, bygg og anlegg (EBA) i Forsvaret. Tjenesten baserer seg på FDs vedtekter for Forsvarsbygg, hvor blant annet ansvaret for kulturminner er nevnt som en av hovedoppgavene. Forsvarsbygg har opprettet et eget fagkontor som er satt til å ivareta forvaltningen av Forsvarets kulturminner. Fagkontoret er en del av Divisjon Rådgiving, Kompetansesenter Miljø- og Kulturminnevern og holder til på Akershus festning i Oslo.
Markedsområde Kongsberg (MO Kongsberg)
Forsvarsbygg/Eiendomsutvikling Østlandet/ Markedsområde Kongsberg har det lokale forvaltningsansvaret for Karljohansvern. Det lokale forvaltningsansvaret innbefatter drift og vedlikehold av alle bygninger og anlegg innenfor etablissementet Karljohansvern. En stor del av staben i denne forvaltningsenheten flyttet i 2003 tilbake til lokaler på Karljohansvern etter å ha hatt tilhold på Kongsberg.
Driftsområde Horten
Drifts- og vedlikeholdsavdelingen på Karljohansvern er underlagt MO Kongsberg og er benevnt Driftsområde Horten. Avdelingen som er bemannet med driftog renholdsspersonell, underlagt en driftsleder, driver forefallende vedlike skjøtsel av uteområder og mindre restaureringsarbeider. Driftsavdelingen holder i dag til i bygning 0053 Brakken på Vollene (april 2003).
Den militære aktiviteten på Karljohansvern er i dag samlet på nordsiden av Marinesamfunnsområdet og på Møringa, den smale landtungen mellom Indre Havn og Oslofjorden. I tillegg er det øvingsaktivitet på Vealøs, Mellomøya og Østøya.