St.mld. 54 (1992-1993) om nasjonale festningsverk
Bergenhus festning er omtalt i St.meld. nr. 54 fra 1992–93 Nasjonale festningsverk. Stortingsmeldingens hovedmål var å presentere de festningsverkene som lå under Forsvarsdepartementets forvaltningsområde, samt å redegjøre for de miljø- og kulturaktiviteter som fant sted på disse festningene. Meldingen understreket festningsverkenes sterke nasjonale relevans, men innebar ingen endring av festningenes formelle vernestatus. Dens betydning lå i at den fastslo at kulturminneforvaltning var et sektorovergripende ansvar som også Forsvaret måtte ta sin del av. Forsvarsdepartementet erkjente videre hovedprinsippet i kulturminneforvaltningen om at ansvaret for å ta vare på egne kulturminner innenfor de områdene man eier eller forvalter, påhviler eieren.
I St.meld. nr. 33 (2008–2009) «Kultur å forsvare» stadfestes det at det er en ambisjon for Forsvaret å tilrettelegge og tilpasse festningene for ny aktivitet.
Landsverneplan for Forsvaret
I 1995 ble Forsvarets kulturminneprosjekt (FKP) igangsatt som et samarbeidsprosjekt mellom Forsvarets bygningstjeneste (FBT), Forsvarsmuseet og Riksantikvaren. Planen, heretter kalt landsverneplanen, forelå ved årsskiftet 2000/2001 og inneholder en samlet oversikt over verneverdige bygninger og anlegg som da var i Forsvarets eie, samt forslag til vernekategorisering. Landsverneplanen har to vernekategorier for bygninger og anlegg, samt egen kategori for vern av spor etter militærhistorisk virksomhet i landskapet. Forskrift om fredning for bygninger og anlegg utenom de nasjonale festningsverkene ble fattet 6. mai 2004.
Verneplan for Bergenhus
Som en direkte oppfølging av St.meld. 54 ble det besluttet at det skulle utarbeides verneplaner for de nasjonale festningsverkene. I den forbindelse oppstod det et behov for å utarbeide en standard for verneplaner. Av forskjellige årsaker (bl.a. sterkt arealpress og initiativ fra bl.a «Tilsynskomiteen for Bergenhus festning»,) ble Bergenhus festning valgt som pilotprosjekt. Verneplan for Bergenhus festning ble ferdig i 1996 og var den første i en rekke av til sammen 15 verneplaner for de nasjonale festningsverkene. Planen utgjorde grunnlagsdokumentet for Riksantikvarens fredningen av Bergenhus festning som ble fastsatt ved forskrift 26.mai 2006.