Kommandanten
Ansvaret for vakthold og saluttering på Vardøhus festning ligger hos kommandanten som også skal overvåke det ytre vedlikehold av bygninger og påse at disse er i god stand. Som følge av festningens beskjedne størrelse har kommandanten direkte befatning med det meste som angår den daglige drift av festningen.
Markedsområde Finmark
Forsvarsbygg har det lokale ansvaret for forvaltning, drift og vedlikehold av alle bygninger og anlegg som er i militærbruk innenfor etablissementet 200201 Vardø.
Nasjonale festningsverk
Vardøhus eies av Staten ved Forsvarsdepartementet (FD). Forsvarsbygg er FDs kontrollorgan og tjenesteleverandør innen EBA i Forsvaret. Tjenesten baseres på FDs vedtekter for Forsvarsbygg, hvor bl.a. ansvaret for kulturminner er anført som en av hovedoppgavene. I Forsvarsbygg er det en egen enhet Nasjonale festningsverk (NFV) med særkompetanse innenfor kulturminner for å ivareta forvaltningen av Forsvarets kulturminneportfølie. Nasjonale festningsverk tildeles årlig midler for å ivareta vedlikehold, drift og utvikling av bygninger og anlegg som ikke er i militærbruk på etablissementet.
Festningens utstillinger
Vardøhus museumsforening ble stiftet allerede i 1894 som et rent naturhistorisk museum. I løpet av de første 30 årene ble det bygget opp en stor fugle-, egg-, plante- og skalldyrsamling. Etter et flerårig avbrekk startet museet opp igjen i 1949 under navnet Vardøhus Museum. I anledning Vardøs byjubileum i 1989 ble museet innlemmet i Vardømuseene, som nå fikk tilhold på Lushaugen. De delene av Vardøhus museum som forble på festningen utgjør idag en utstilling som i hovedsak består av diverse musealt våpenmateriell – herunder vollkanonene – utdeponert fra Forsvarsmuseet, en kanontransportvogn og diverse andre gjenstander samt kopier av festningens arbeidstegninger.
Forsvarsmuseet har det faglige ansvaret for utstillingene på Vardøhus. Kommandanten har det daglige tilsyn med utstillingene.
Bruks- og samarbeidsavtaler
Forsvaret har inngått en avtale med Vardøhus festnings venner om at foreningen låner 0020 Kystvernbrakka og ett rom i 0009 Slaveriet vederlagsfritt.
Forøvrig gjelder at lag og foreninger kan gjøre avtale om bruk av 0015 Brakke.