Generelt er antikvariske myndigheter tilbakeholdne med å anbefale rekonstruksjoner eller restaurering som krever store endringer. Slike inngrep kan ofte tendere mot historieforfalskning ved å «postulere» et alternativt historisk forløp. Man kan også spørre seg om det er riktig å utføre utbedringer så historisk korrekt at den uinnvidde betrakter tror seg stilt overfor en autentisk bygningsdel. Her vil hensynet til bygningen som helhet ofte være retningsgivende.
På Fredriksvern er situasjonen at de fleste bygninger som er forsvunnet er for svakt dokumentert til at rekonstruksjon overhodet kan være aktuelt. Det som tenderer mot rekonstruksjon er imidlertid en markering av den gamle fregattbeddingens avgrensning, utført i firskåret, trykkimpregnert tømmer. Det faller vanskelig å se berettigelsen av et slikt tiltak. Konstruksjonen er ikke selvforklarende, den forteller lite eller intet om konstruksjonen den markerer, og den vil etter en tid – impregneringen til tross – begynne å råtne og da virke skjemmende. Mettet som den er av CCA-impregnering representerer den også et miljøproblem.
Et tømmerskur (ikke inventarført) på plenen nord for kanalen er tømret på tradisjonelt vis, men savner ellers dokumentert forlegg.
Det ligger et stort potensiale i å tilbakeføre verkene. I motsetning til bygningene vil disse kunne rekonstrueres på et langt sikrere grunnlag enn bygningene. Dette må imidlertid skje i henhold til en detaljert plan som forhåndsgodkjennes av Riksantikvaren.
Kommandantens hage (0756) bør også kunne tilbakeføres ettersom det finnes både kart og arkivmateriale som forteller om hagens tidligere utforming. En hagearkeologisk undersøkelse vil også kunne gi flere informasjoner om opprinnelig utforming og veksttyper. Kommandanthagen er i verneklasse 1, dermed må en eventuell tilbakeføring godkjennes av Riksantikvaren.