Nasjonale Festningsverk
Luftforsvarets skolesenter Stavern ble av Stortinget besluttet nedlagt med virkning fra 1. august 2002 (jfr. 2.3 nedenfor). Senere har Justisdepartementet overtatt som leietaker og hovedbruker av etablissementet. Inntil fremtidig forvaltningsmodell for Statens kulturhistoriske eiendommer er avklart, står Nasjonale Festningsverk (NFV) på vegne av FD for forvaltning, drift, vedlikehold, utvikling m.v. av etablissementet. En festningsforvalter med kontor på verftsområdet er stedlig representant og fungerer som lokalt kontaktledd mot det sivile samfunn. Han har ansvar for den daglige drift, bidrar til å skaffe nye leietakere og legger tilrette for kulturelle aktiviteter.
Vedlikeholdsavdelingen Fredriksvern
Tidligere vedlikeholdstjeneste er i praksis videreført, men med noe redusert bemanning. Vedlikeholdstjenesten har tilhold på Fredriksvern og er administrativt underlagt NFV.
Nasjonale Festningsverk/kulturminner
Forsvarsbygg er FDs kontrollorgan og tjenesteleverandør innen EBA i Forsvaret. Tjenesten baseres på FDs vedtekter for Forsvarsbygg, hvor bl.a. ansvaret for kulturminner er anført som en av hovedoppgavene (jfr. 1.1.1). Innenfor NFV er det etablert en egen kulturminnefaglig enhet som utfører utrednings- og rådgivningsoppdrag vedrørende antikvarisk verdifulle bygninger og anlegg. Enheten er premissgiver, rådgiver, kvalitetssikrer og koordinator innenfor fagområdet og er kontaktledd mot Riksantikvaren.
Galeimuseet
Et etablissementsmuseum ble innredet i bygning 0016 i forbindelse med Fredriksvern verfts 250-års jubileum i 2000. Her vises etablissementets historie i tekst, plansjer og modeller. Museet driftes av Fredriksvern Verft Venner.
Larvik kommune
I 1961 overlot Staten v/Forsvarsdepartementet til daværende Stavern kommune disposisjonsretten til området mellom festningsvollene og Tollbugaten, byens torv og Helgeroaveien, en strekning fra Stavern brygge til forbi Skoledammen. Ifølge forslaget til overenskomst skal kommunen betale en leie på kr. 10,- pr år. Området med tilhørende dammer skal av kommunen, uten utgift for Staten, holdes iorden og behandles parkmessig på en måte som ikke skjemmer eller forstyrrer verftets karakter. Det tillates ikke oppført bygninger eller anlegg av hverken midlertidig eller permanent art på området. Veien fra Tollbugaten til 1051 Festningsporten disponeres og vedlikeholdes av NFV.
Ved avtale inngått i 1936 (ordlyd gjengitt under katalogoppslagene for Søndre og Nordre blokkhus) ble eiendomsretten til de to gjenværende blokkhusene overført til daværende Stavern kommune, mot at kommunen påtok seg å bevare og «forsvarlig og pietetsfullt» vedlikeholde blokkhusene som fortidsminnesmerker. Eierskap og vedlikeholdsansvar erkjennes overtatt av Larvik kommune, som også er hjemmelshaver til tomten 5001/696 som Søndre blokkhus står på. Nordre blokkhustomt, 5001/223, er derimot hjemmelsført på en avdød privatperson.
Larvik kommune har også eier- og vedlikeholdsansvar for utkikkstårnet på Kikut på Stavernsøya (jfr. katalogoppslag). Her er imidlertid Staten v/Forsvarsdepartementet hjemmelshaver til tomten.
Norske billedkunstnere
FD inngikk 10.12.1909 en avtale med forløperen til Norske Billedkunstnere, Bildende Kunstneres Styre (BKS), om leie av kommandantboligen på Citadelløya som lokale for en friluftsskole ved det nyoprettede akademi for bildende kunst. Avtalen var at Citadelløya med påstående bygninger ble overlatt BKS «indtil videre», mot at BKS overtok ansvaret for løpende vedlikehold og for å ha en oppsynsmann boende på øya når kunstnerne ikke var der, og å holde bygningerne forsikret. Avtalen ble tinglyst den 06.04. 1910 som en heftelse på eiendommen. Norske Billedkunstnere disponerer stadig Citadelløya fom. juni tom. august, men forholder seg ifølge muntlig avtale til Statsbygg.
Statsbygg
Statsbygg har administrativt ansvar for flere bygninger på Fredriksvern verfts grunn. Det Verneplan Fredriksvern 23 dreier seg om bygningsmassen på Citadelløya og Sjømennenes minnehall.
I og med ovennevnte avtale mellom FD og BKS, var vedlikeholdsansvaret for Citadellet overført til BKS, senere Norske billedkunstnere. Grunnet misnøye med organisasjonens ivaretakelse av vedlikeholdsforpliktelsene, overtok Statens bygge- og eiendomsdirektorat (SBED, senere Statsbygg) i 1966 forvaltningen av kommandantboligen. I regi av Kirke- og undervisningsdepartementet ble det i 1971 etablert en tilsynskomité for Citadelløya med representanter for NBK, «Venner av Gamle Stavern» og kommunen, med SBEDs stedlige tilsynsmann som fast medlem av komiteen. Tilsynskomiteen ble avviklet i 1995, men Statsbygg ivaretar fortsatt ansvaret for Citadelløya ihht en ny forvaltningsmodell instituert av Miljøverndepartementet samme år. Statsbygg legger til grunn at ansvarsforholdet omfatter hele bygnings- og anleggsmassen på Citadelløya. Når bygninger og anlegg som forvaltes av Statsbygg er inventarført i denne verneplanen, bunner det i et ønske fra Forsvarsbygg om å beskrive totaliteten i de deler av det historiske Fredriksvern hvor Forsvaret er grunneier.
Forsvaret antas som grunneier å ha forvaltningsansvaret for de elementene som inngår i det militærhistoriske landskapet på øyene hvor Forsvaret er hjemmelshaver. Historisk har ikke dette ansvaret vært aktivt ivaretatt; anleggene, herunder opplagshavnen, har stort sett ligget uten aktiv skjøtsel i den lange perioden hvor de ikke har vært brukt til forsvarsformål.
Statsbygg har også forvaltningsansvaret for Sjømennenes minnehall. Hallen ble oppført med Statens bygningsinspektorat som byggherre i 1927. I 1990 ble forvaltningsansvaret for minnehallen overført fra Miljøverndepartementet til Statsbygg. Forsvarsdepartementet er imidlertid hjemmelshaver til tomten.
Inntil fremtidig forvaltningsmodell for statens kulturhistoriske eiendommer er avklart (jfr. 2.3.2), vil dagens ansvarsfordeling opprettholdes.
Frivillige organisasjoner
Som de andre nasjonale festningsverkene har Fredriksvern en viktig posisjon i lokalbefolkningens bevissthet. Verftet har «alltid» vært der, det har vært en viktig arbeidsplass og det har en ærerik historie. Da LSS skulle legges ned i 2002 var det derfor mange som engasjerte seg og dannet foreningen Fredriksvern Verfts Venner. Man ønsket at foreningen skulle få både innflytelse og kompetanse slik at verfftet skulle være sikret en verdig etterbruk og at dets historie ble bedre kjent. Man ønsket å føre en permanent dialog med Forsvarsbygg og holde et våkent øye med det løpende vedlikeholdet og eventuelt tre støttende til i spesielle prosjekter.
Forsvarsbygg ser på denne foreningen som en ressurs det er riktig å samarbeide med. Foreningen driver Galeimuseet i bygning nr. 0016 foruten et nytt museum som er under etablering i 0021 Kadettbrakka, og driver aktivt med guiding, kurs og distribusjon av informasjon om verftet. Det er meningen at overskudd av foreningens drift skal føres tilbake til verftet.
Ordinære leietagere
Som følge av omstillingen av Forsvaret (jfr. 2.3.2) opphørte all militær aktivitet på Fredriksvern Verft i løpet av 2002. Luftforsvarets skolesenter Stavern ble av Stortinget besluttet nedlagt 13. juni 2001, med virkning fra 1. august 2002 (jfr. 2.3 nedenfor). Etter denne dato har Justisdepartementet overtatt som hovedbruker av etablissementet. I tillegg er flere mindre, hovedsakelig kunst- og kulturrelaterte virksomheter, representert som leietagere. Statens naturoppsyn har etablert sitt Stavern-kontor i bygning 0004 Smia.