Fredrikstad festning ble fredet ved forskrift i 2008. Festningen har imidlertid formelt vært administrativt fredet siden 1928. Vernet omfattet den gang foruten alle voller, bastioner, murer, graver og glacier følgende inventarer:
- 0001 Slaveriet (den gang 9 Gamle slaveriet),
- 0002 Det grunnmurede provianthus (den gang 8 Provianthuset),
- 0004 Offisersvakten (den gang 10 Offisersvakten),
- 005 Kruttårn i prins Georgs bastion (den gang 14 Kruttårn i prins Georgs bastion),
- 0006 Bakeribygningen (den gang 11 Bakeriet),
- 0007 Tøyhuset (den gang 13 Tøihuset),
- 0008 Laboratoriet (den gang 15 Sykehuset),
- 0009 Münsterhuset (den gang 12 Münsterhuset),
- 0010 Kommandantboligen (den gang 16 Kommandantgården),
- 0012 Kjørbogården (den gang 17 Kjørbogården),
- 0017 Infanterikasernen (den gang 18 Infanterikasernen),
- 0019 Kommisjonsgården (den gang 19 Kommisjonsbygningen),
- 0021 Vollportvakten (den gang 5 Vollportens corps de garde),
- 0022 Ravelinvakten (den gang 24 Vollportravelinets corps de garde),
- 0023 Kruttårnet i prinsesse Charlottes bastion (samme betegnelse den gang),
- 0024 Artillerigården (den gang 22 Artillerigården),
- 0027 Marketenteriet (den gang 21 Marketenteriet),
- 0029 Artillerismien (den gang 20 Artillerismien),
- 1051 Porter (den gang 1 Konge- eller kommandantporten, 2 Mellomporten og 3 Ferjeporten) og
- 1052 Sortieporter (den gang 4 Nordre sortieport, 5 Vollporten og dennes corps de garde, 6 Østre sortieport og 7 Søndre sortieport). (FMF 1934)
Da listen så ble oppdatert i 1958 kom den foruten de ovenfor nevnte også til å omfatte
- 0003 Sprøytehuset (den gang 003 Proviantboden),
- 0011 Ekserserhuset (samme betegnelse den gang),
- 0013 Ingeniørgården (den gang 013 Artillerimessen),
- 0015 Vollmesterboligen (samme betegnelse den gang),
- 0018 Brannstasjon – uthus til Infanterikasernen (den gang 016 Uthuset),
- 0025 Undervisningsbrakke (den gang 025 Soldathjemmet)
- 0026 Gamle spisesal (den gang 026 Spisesalen)
Av ukjente årsaker var imidlertid 0009 Münsterhuset falt ut av denne oversikten.
Dette utvalget ble i stor grad sementert i og med Landsverneplanen for bygninger og anlegg i Forsvarets eie. Her var imidlertid også 0020 Uthus [for Kommisjonsgården], 0030 Uthus til verkstedbygning og 0031 Tennishus, samt 0754 og 0755, begge forbindelsesbroer i vollgraven, tatt med i verneklasse 1. Landsverneplanen nyanserte ikke for Fredrikstad mellom verneklasse 1 og 2, men innvarslet at denne sondringen ville gjøres i og med foreliggende verneplan.
Stortingsmelding nr. 54 (1992–93) om nasjonale festningsverk
Fredrikstad festning er i St.meld. nr. 54 (1992/93) Nasjonale festningsverk omtalt som et anlegg av stor nasjonal verdi. Meldingens hovedanliggende er å presentere de av festningsverkene som ligger under Forsvarsdepartementets forvaltningsområde, samt å redegjøre for de miljø- og kulturaktiviteter som finner sted på disse festningene. Meldingen understreker festningsverkenes nasjonale betydning, men innebærer ingen oppgradering av det formelle vern knyttet til de festningene meldingen omfatter. Dens betydning ligger i at den fastslår at kulturminneforvaltning er et sektorovergripende ansvar som også Forsvaret må ta sin del av. Forsvarsdepartementet erkjenner videre hovedprinsippet i kulturminneforvaltningen om eieransvar for kulturminner. Samtidig sies det at dagens ordning med militær bruk og militært ansvar for drift og vedlikehold er det beste grunnlaget for en bevaring av de antikvariske verdiene. Departementet foreslår at det utarbeides egne forvaltningsplaner som angir behov for istandsettelse, restaurering, skjøtsel, drift, oppsyn, sikkerhet og informasjon.
Intensjonen om fortsatt militær bruk av festningsverkene må anses opphevet i og med St.prp. nr. 45 (2000–2001). Her heter det (under pkt 6.4.2 «Vernede og fredede objekter») at ivaretakelse av festningsverk uten militær aktivitet bør vurderes overført til et eget statlig organ. Dette omfatter flere festningsverk, herunder Fredrikstad, som Forsvaret ikke lenger skal være bruker av.
Haag-konvensjonen av 1954
Norge har ratifisert Haag-konvensjonen av 1954 som inneholder bestemmelser om beskyttelse av kulturminner i tilfelle væpnet konflikt. Konvensjonen inneholder bestemmelser som forplikter de kontraherende parter å forberede vern av kulturverdier, og til å respektere all kultureiendom på eget eller andre staters territorium ved å unnlate å benytte slik eiendom til formål som vil kunne utsette dem for skade eller ødeleggelse under væpnet konflikt. De kontraherende parter forplikter seg til å avstå fra alle fiendtligheter rettet mot slik eiendom.
En liste over hvilke kulturminner som skal gi spesiell beskyttelse forelå i 1969. Den omfatter bl.a. åtte festningsverk, herunder Fredrikstad.
Reguleringsmessige forhold
Hele Gamlebyen i Fredrikstad er regulert til spesialområde med formål bevaring. Forsvarets bygninger er i tillegg regulert til offentlig formål/ Forsvaret. Nasjonale Festningsverk arbeider for tiden med en bruksendring for de fleste bygningene. Fredrikstad kommune planlegger en omregulering av Forsvarets eiendommer i Gamlebyen så snart fremtidige bruksområder er klarlagt. Vollene, som eies av Forsvaret, er regulert som offentlig parkområde.