Fredrikstad festning eies av Staten ved Forsvarsdepartementet. Departementet har dermed det overordnede forvaltningsansvaret. Forsvarsbygg nasjonale festningsverk er departementets utførende forvaltningsorgan og har ansvaret for forvaltning, drift og vedlikehold av alle bygninger og anlegg på festningen.
Inventar 0010 kommandantgården. Fra gårdsrommet mot hagen er det laget en passasje der det opprinnelig var «Brændeskur». Foto: Jiri Havran.
Som ovenfor nevnt ble en rekke av Forsvarets bygninger i Gamlebyen, foruten selve festningsverket, administrativt fredet i 1928. Flere kom til i 1958.
Ettersom bygningene som landsverneplanen legger vern på allerede i stor grad var administrativt fredet, innebar ikke landsverneplanen noe brudd med inntil da gjeldende saksbehandlingsregler. Planen innebar imidlertid at også en del inventarer som ikke var omfattet av tidligere administrative fredninger, nå skulle behandles som om de var fredet.
For denne gruppen er regelen at spørsmål om endringer utover vanlig vedlikehold skal forelegges Riksantikvaren til vurdering. NFV er saksforberedende instans med Forsvarsmuseet som militærhistorisk rådgiver. Godkjenningsansvaret tilligger fortsatt Riksantikvaren. For bygninger og anlegg som er bevaringsverdige skal søknad om endringer forelegges NFV.
Eventuelle kassasjonssaker blir behandlet av et forum der Riksantikvaren, Forsvarsbygg og Forsvarsmuseet er representert. I henhold til plan- og bygningsloven må rivningstillatelse innhentes fra plan- og miljøseksjonen i Fredrikstad kommune.
Se forøvrig kapittel Saksbehandlingsregler for mer utfyllende informasjon.