Forsvarsbygg, Nasjonale Festningsverk
Fredrikstad garnison ble av Stortinget besluttet nedlagt 13. juni 2001, med virkning fra 1. august 2002 (jfr. 2.3 nedenfor). Inntil fremtidig forvaltningsmodell for statens kulturhistoriske eiendommer er avklart, står Forsvarsbygg Nasjonale Festningsverk (NFV) på vegne av Forsvarsdepartementet for forvaltning, drift, vedlikehold og utvikling m.v. av etablissementet. Festningen inngår i Festningsdistrikt Østfold, og forvaltes av en festningsforvalter, en EBA-leder og to driftsteknikere. Denne organisasjonen ivaretar kontakt med lokalsamfunnet, utleie av arealer og lokaler, samt drift og vedlikehold. Drift og vedlikehold er i stor grad basert på kjøp av tjenester.
Kulturminneforvaltningen i Forsvarsbygg
Forsvarsbygg er FDs kontrollorgan og tjenesteleverandør innen EBA i Forsvaret. Tjenesten baseres på FDs vedtekter for Forsvarsbygg, hvor bl.a. ansvaret for kulturminner er anført som en av hovedoppgavene. Forsvarsbygg har etablert en egen enhet Nasjonale Festningsverk for å ivareta forvaltningen av Forsvarets kulturminner. Ved arbeider på den antikvariske bygningsmassen fungerer Nasjonale Festningsverk som rådgivende instans og som bindeledd mot antikvariske myndigheter.
Fredrikstad museum
Fredrikstad museum overtok utstillingslokaler i Tøyhuset i 2001, og har senere også samlet hele sin administrasjon her. I museet vises en byhistorisk utstilling med tema fra sivilt og militært liv fra bygrunnleggelsen i 1567 og fram til 1880-årene. En større bymodell laget av W.S. Dahl inngår i utstillingen samt modell av festningsanlegget og Kongsten fort. Det er også avsatt arealer til skiftende utstillinger. I tilknytning til Fredrikstad museums lokaler har Fredrikstad Militærhistoriske museum en utstilling av militært materiell og uniformer fra flere tidsperioder.
Bruks- og samarbeidsavtaler
Forsvaret har inngått en del avtaler vedrørende bruk av festningens arealer. Disse vil bli suksessivt re-forhandlet med Nasjonale Festningsverk som Forsvarets avtalepart.
Etter at festningsverkene gjennomgikk en omfattende restaurering på begynnelsen av 1990-tallet, ble det inngått en avtale med Fredrikstad kommune om videre drift og vedlikehold av festningsanlegget. Dette innebærer at kommunen står for det løpende vedlikehold av voller, vollgraver og broer. Forsvarsbygg har fortsatt vedlikeholdsansvar for porter og murer, samt alle militære bygninger.
Samarbeidsfora
Fredrikstad kommune har opprettet et eget utvalg for Gamlebyen, «Gamlebyutvalget». Utvalget har som formål å diskutere og komme frem til gode løsninger på alle typer forhold som berører Gamlebyen. Nasjonale Festningsverk er representert i utvalget, i likehet med foreningen Gamle Fredrikstad, Gamlebyen Gårdeierforening, Fredrikstad Museum, Fylkeskonservatoren, Opplev Fredrikstad og sektorsjefene i kommunen.
«Foreningen Gamle Fredrikstad» arbeider for vern og ivaretakelse av Gamlebyen som kulturminne. Nasjonale Festningsverk har fast representasjon i styret i foreningen..
Det finnes en rekke ulike interesseorganisasjoner i og omkring Gamlebyen og festningen. For bedre å kunne samordne de ulike syn og behov, samt for å kunne påvirke den videre utviklingen er flere av foreningene gått sammen i organisasjonen «Festningsbyen».