Bergenhus festning representerer som helhet et av landets mest betydningsfulle kulturmiljøer, med stående bygninger og anlegg fra middelalderen og inn i vårt århundre. Anlegget omfatter noen av landets viktigste kulturminner, med Håkonshallen, Rosenkrantztårnet og selve festningen som det mest fremtredende. Festningsområdet (tidligere kongsgården på Holmen) har en helt sentral posisjon i landets historie som militært, administrativt og politisk sentrum gjennom flere hundre år. Bergenhus festning er derfor et enestående anlegg i nasjonal sammenheng.
Middelalderanlegget på Bergenhus er det eldste bevarte ikke-kirkelige steinanlegg i hele landet. Monumentalanlegget fra kongsgårdens historie står fremdeles som et eksempel på middelalderens rike steinbyggekunst. Håkonshallen er landets største ikke-kirkelige bygningen i stein fra middelalderen. Bergenhus-området er viktig i nasjonal sammenheng også når det gjelder forholdet til byen. Bergen er den eneste byen i Norge som fremdeles har bevart helheten i byplanen fra middelalderen, fra Vågsbotn til Bergenhus. Rosenkrantztårnet er, med sin endelige utforming fra omkring 1560, et av landets arkitektoniske hovedverk fra 1500-tallet.
Bergenhus festning er ved siden av Akershus festning det mest betydningsfulle festningsanlegg i landet når det gjelder historisk dybde med bevarte bygninger og elementer fra mange perioder. I sin endelige utforming og med de reduksjoner som er påført festningen etter nedleggelsen, fremstår den i dag likevel som et av vårt lands fremste eksempler på en 300årig fortifikasjonskunst. Det er i grunntrekkene et bastionært anlegg som i utgangspunktet var til beskyttelse for lensherrens residens og som i sin videre utvikling har fått et særlig preg av å være havneby-befestning og det sentrale militære støttepunkt i Vest-Norge i historisk tid.
I siste halvdel av 1800-tallet ble Bergenhus, spesielt Håkonshallen og Rosenkrantztårnet, gjenstand for bygningsarkeologiske undersøkelser og restaureringsarbeider. Etter eksplosjonsulykken 1944 og frem til 1960-tallet ble det gjennomført omfattende arkeologiske undersøkelser i forbindelse med gjenreisning og istandsetting. Bergenhus er derfor i nærmere hundre år knyttet til utviklingen av norsk bygningsarkeologisk forskning og restaureringstradisjon, og anlegget har betydning også i denne sammenheng. Gjenreisningen ble gjennomført på en grundig og helhetlig måte og en rekke elementer fra denne perioden har i dag både arkitektoniske kvaliteter og arkitekturhistorisk interesse.