Bygningsmassen på Bergenhus består hovedsakelig av murbygninger. Vi finner bygninger konstruert av bruddsteinsmur, pusset teglverk og betong. Samtlige bygninger rundt slottsplassen, både middelalderbygningene (Håkonshallen og Rosenkrantztårnet) og 1700-tallsbygningene (Kommandantboligen, Kapteinvaktmesterboligen og Stallbygningen) er bygd av naturstein. Bygninger har i tidligere perioder vært pusset med kalkpuss, senere med en sementbasert mørtel. Eksplosjonen i 1944 etterlot bygninger og murer rundt slottsgården i grader av ruin. Kommandantboligen fikk størst skader, og ble langt på vei gjenoppbygd fra grunnen av. Steinmaterialet som etter eksplosjonen ble spredd utover området ble sortert og gjenbrukt til rekonstruksjonen, men som bindemiddel ble det brukt en sementbasert mørtel. Mange av bygningene på Bergenhus har derfor to ulike mørteltyper som bindemiddel; deler som ikke ble ødelagt i 1944 har kalk som mørtel, mens gjenoppbygde deler har sementbasert mørtel og puss. For disse bygningene kan det være behov for grundigere forundersøkelser før man bestemmer mørteltype til vedlikehold og restaurering. I tillegg til bygninger av bruddsteinsmur er også en rekke bygg oppført i pusset tegl, eksempler er Artilleribygningen, Hovedvakten, Regimentsbygningen og Ingeniørboligen.
