For saksbehandling av middelalderdelene av Akershus gjelder kulturminnelovens § 8, hvor det heter at alle tiltak som berører automatisk fredete kulturminner må meldes tilog godkjennes av vedkommende myndighet (Riksantikvaren).
For den øvrige bygningsmassen har både Byantikvaren og Riksantikvaren drevet saksbehandling. Etter avtale mellom Riksantikvaren og Byantikvaren, saksbehandler nå Riksantikvaren alle antikvariske spørsmål vedrørende festningen innenfor det som er i statlig eie. Byantikvaren har imidlertid sterke interesser i forhold til festningens randsoner mot sjø- og bysiden. I en rekke saker vil derfor både Riksantikvaren og Byantikvaren være involvert, herunder alle plan- og byggesaker.
I plan- og byggesaker vil alltid Plan- og bygningsetaten sende forslaget/søknaden til Byantikvaren, som igjen videresender til Riksantikvaren.
Med hensyn til de «administrativt fredete» bygningene har de åpenbare manglene i listen medført at den ikke har vært i praktisk bruk i de senere årene, hverken hos antikvariske myndigheter eller i Forsvaret. Arbeider som omfattes av planog bygningsloven har uansett krevd uttalelse fra antikvariske myndigheter på grunn av reguleringen til spesialområde med formål bevaring etter plan- og bygningslovens § 25.6 (siden 25.08.1980).
For tiltak som ikke er søknadspliktige etter plan- og bygningsloven har praksis vært noe vekslende, i stor grad avhengig av den lokale forvaltnings skjønn.
Se forøvrig Kapittel 6.5 – Saksbehandlingsrutiner.