Akershus festning har en forholdsvis komplisert forvaltningsstruktur, bestående av følgende enheter:
Akershus kommandantskap
Akershus kommandantskap (AK) ved Kommandanten har ansvaret for orden på og bruk av Akershus slott og festningsområde. Kommandanten skal overvåke det ytre vedlikehold av bygninger og påse at slottet og festningsområdet i sin helhet er i verdig stand. Kommandanten er foresatt for Informasjonssenteret Akershus festning og Forsvarets Stabsmusikkorps. Kommandanten har, formelt sett, brukeransvar iht TfF Kl 8 kun for de bygninger som disponeres av AK, dvs inventarer 0001, 0002, 0018, 0059 og 0067. Kommandanten skal allikevel konsulteres når det gjelder hovedlinjene i disponering av områder og bygninger og holdes orientert av brukere av bygninger om til- og fraflytting, ledige kontorrom mv. Han er medlem av eller representert i komiteer eller utvalg som arbeider med bruk, vedlikehold mv av Akershus slott og festningsområde.
Konservator for Akershus slott og festning
Konservatoren inngår i AK og har som ansvar å føre tilsyn med Akershus slott og festning, med hovedformål å ivareta det historiske særpreg, med spesielt ansvar for ivaretagelse av slottets inventar og samlinger, likeledes festningsutstyr utplassert på voller og i kasematter. Konservatoren er kommandantens rådgiver i antikvariske spørsmål og er forutsatt å arbeide i samsvar med direktiver og prinsipper gitt av antikvariske myndigheter. Konservatoren er fast medlem av Komiteen for Akershus slott og festningsområde. Konservator møter i styrene i direktør Rasch og hustru Evas og Arkitekt Eugen Nielsens legater for utsmykning av Akershus slott, samt Paula August Stabæks legat til restaurering og vedlikehold av Akershus slott.
Lokal forvaltningsmyndighet
Forvaltningsansvaret for Akershus festning er nylig omorganisert som følge av den nye «Stor – LFM» ordningen i Forsvaret (LFM = lokal forvaltningsmyndighet). LFM-ansvaret for Akershus er nå lagt til Forsvarets overkommando (FO/Adm./ LFM). Dette kontoret har ansvaret for forvaltning, drift og vedlikehold vedrørende alle eiendommer, bygninger og anlegg på Akershus.
Vedlikeholdsavdelingen
Vedlikeholdsavdelingen på Akershus, som tidligere lå under FBT, er nå underlagt LFM og benevnt FO/Adm./Vedlikeholdselementet Akershus. Avdelingen driver forefallende vedlikehold, skjøtsel av uteområder og mindre restaureringsarbeider.
Forsvarets bygningstjeneste (FBT)
FBT er FD's kontrollorgan og tjenesteleverandør innen EBA i Forsvaret. Tjenesten baserer seg på FD's vedtekter for FBT, hvor blant annet ansvaret for kulturminner er nevnt som en av hovedoppgavene. FBT/S har etablert et eget, fagkontor for kulturminneforvaltning for å ivareta forvaltningen av Forsvarets kulturminner.
FBT's regionkontor
FBT Region Østlandet, Underkontor Oslo (FBT Ø/Oslo), tidligere FBT Viken, blir engasjert av FO ved gjennomføring av større utredninger og byggeprosjekter. Da ivaretar de byggherre- og prosjektlederfunksjonen i forhold til myndigheter, rådgivere og utførende firmaer.
Komiteen for Akershus slott og festningsområde
Komitéen for Akershus slott og festningsområde (Akershuskomiteen) er en rådgivende komité nedsatt av Forsvarsdepartementet. Den skal uttale seg i spørsmål som har med utformning og bruk av Akershus slott og festningsområde. Akershus kommandantskap, Akershus slotts venner, FO/FBT/S, Riksantikvaren og Oslo Kommune er representert i komiteen
Andre organer
Kommandanten deltar i flere samarbeidsorganer som berører festningen og dens omgivelser, bl.a:
- Fellesrådet for Gamle Christiania
- Foreningen Akershuskvartalene
- Styret i direktørs Nils Rasch og hustru Evas legat til utsmykning av Akershus slott