Særegne vekststeder
Festningsanleggene utgjør særegne biotoper (vekststeder) både fordi de er så gamle, og på grunn av beliggenheten og utformingen. Man brukte for eksempel kalk i murene. Under regnvær har kalk blitt skylt ut i jorda omkring og gitt gode vekstvilkår for kalkelskende planter. Videre holder man områdene åpne slik at kulturlandskapet ikke gror igjen.
Det er ofte gode muligheter for rike blomsterenger rundt festningene ettersom det ikke er tradisjon for å gjødsle jorda. Også de tørre murene og de gamle løvtrærne er med å gi spesielle livsvilkår både for planter og dyr.
Ballastplanter
Mellom knausene på Oscarsborg kan man finne ville gulrøtter, mens Citadelløya utenfor Fredriksvern verft i Stavern er vokseplass for apotekerkattost, en plante som har lange tradisjoner i folkemedisinen. Disse plantene er såkalt ballastplanter som ble brakt til Norge med seilskutene. Skutene dro fra Norge med trelast eller andre varer. Når de kom tilbake, hadde de sjelden samme vekt som da de dro ut. Jord og grus ble brukt for å utligne vekten og stabilisere fartøyene. I disse fantes det ofte frø som spirte og slo rot der jorden ble losset av.
Ballastplanter på Oscarsborg festning
Festningen har et rikt biologisk mangfold. Det er registrert mer enn 550 blomsterarter, 250 ulike moser og 130 arter lav. I tillegg har øya svært sjeldne insekter.
"Kystgeitkommandoen" holder vegetasjonen nede i helningene med ballastjord slik at floraen opprettholdes.Geit er det husdyr som i størst grad foretrekker bark, løv og skudd på busker og trær.På bildet vises veksten villgulrot, som blomstrer i juli.
"Rogna" og Pormorstjerneblom på Vardøhus festning
Vardø og Vardøhus festning ligger i arktisk klimasone.Gjennomsnittstemperaturen om sommeren er bare 10 grader Celsius. Av den grunn vokser det ikke trær i området. Byens «eneste» tre er «Rogna» som står ved Kommandantboligen. "Rogna" består av to rognetrær som er plantet på hver side av inngangen til Kommandantboligen.
Treet blir pakket inn hver vinter, ikke bare på grunn av kulda, men også for å beskytte det mot havsaltet som blir ført med vinden. Ved åpning av sommersesongen i juni kommer skolebarn sammen for å befri treet fra vintersvøpet.
Pormorstjerneblom
Pomorstjerneblom er bare kjent et par andre steder i Norge i tillegg til på Steilneset i Vardø. Det er nærliggende å tro at arten er kommet fra sine opprinnelige voksesteder i Øst-Finland/Russland med skip i forbindelse med pomorhandelen.
Horndykkeren på Fredrikstad festning - Gamlebyen
Den utrydningstruede Horndykkeren hekker i vollgravene på festningen. Den lille, fargerike og utrydningstruede fuglen er svært sjelden, og det eneste stedet som Horndykkeren hekker på Østlandet er på festningen. Kommunens parkavdeling og fuglevenner pleier å sette opp sperring for å forhindre at hunder eller mennesker forstyrrer/ødelegger mens hekkingen pågår.
Rødknappsandbia på Fredriksten festning
For et par år siden ble en helt ny bieart oppdaget på Fredriksten festning. Rødknappsanbia lever kun på blomsten rødknapp, og har altså slått seg til på Fredriksten festning. Senere er den også funnet et sted i nærheten av Gardermoen. Bien studeres nøye og følges opp av forskere fra NTNU, med støtte fra Fylkesmannen i Østfold. Det vurderes hva som kan gjøres for å legge forholdene bedre til rette for den sjeldne bia.
Ulike interesser
Det er viktig å ta vare på mangfoldet. Men i blant kommer vern i konflikt med andre interesser. Et eksempel er løvtrær som felles for å få tilbake de opprinnelige siktlinjene fra den gangen festningene hadde en militær funksjon.