Den militære inventarbeskrivelsen forteller bare at kalkovnene ble fyrt med kull som ble fylt fra toppen sammen med kalkstein. Ingen av ovnene som kaptein Theodor Broch, den antatte konstruktøren, beskriver i sin lærebok utgitt noen få år tidligere, er identisk med Møringa-ovnene. Byggemåte og utforming viser imidlertid at kalkovnene, når de var i drift, ble fyrt kontinuerlig og ikke i én gjennomgående brenning slik som i de eldre bondeovnene.
Brennemåten kan sammenlignes med prosedyren for en tilsvarende, noe enklere sjaktovn som Broch beskriver: Før brenningen startet la man et tykt lag med tørt trevirke i bunnen, deretter et tykt lag med steinkull, så et lag kalkstein, et tynnere lag kull, over dette igjen et lag brensel inntil 4–5 lag var fylt på. Trevirket i bunnen av ovnen ble nå påtent. Når steinene i det øverste laget glødet ble det fylt på nye lag med brensel og kalkstein fra toppen. Ovnen ble fylt etter hvert som gjennombrenningen trakk seg suksessivt oppover i lagene. Etter noen dager var ovnskammeret fylt opp slik at hele ovnen var i brann.
Ferdig brent kalkstein i nederste del av ovnen kunne nå trekkes ut gjennom den laveste åpningen. Nye lag med kalkstein og kull ble fylt i fra toppen så lenge brenningen foregikk. Temperatur og resultatet ble kontrollert gjennom regulering av trekk og kalkbrennernes erfaring med råmateriale og brensel, bl.a. ved å se på røyken som steg opp fra toppen av ovnen. Den høyeste åpningen i bunnen kan ha vært delvis gjenmurt for å kontrollere trekken og ha blitt brukt til å avlese temperaturen på steinen inne i kammeret som fikk en gulhvit farge når den var ferdig. Trolig foregikk brenningen i Møringa-ovnene i korte, konsentrerte perioder og ikke året rundt. Vi vet ikke om det ble leid inn sivile folk til arbeidet eller om marinen hadde egne folk som tok seg av brenning og den videre bearbeidingen av materialet (se også om Mur og steinbygninger).